La forma más extendida y preferible en español es Al Qaeda, y no Al Qaida.
En los medios de comunicación de España e Hispanoamérica se pone de manifiesto cierta vacilación al escribir el nombre de la organización terrorista islamista fundada por Osama bin Laden: «EE. UU. preocupado por eventual ataque informático de Al Qaeda», «Irak, puerta de entrada de Al Qaida en Siria».
Lo más adecuado es utilizar Al Qaeda, y no Al Qaida, ya que es la forma mayoritaria.